Bảo tàng tỉnh Phú Khánh, nay là Bảo tàng tỉnh Khánh Hòa được thành lập theo Quyết định số 1329/UB-TC, ngày 13/6/1979 của Chủ tịch UBND tỉnh Phú Khánh cũ, là một ngôi nhà theo kiến trúc Pháp, được xây dựng vào đầu thế kỷ 20, với một tầng lầu, hai lối đi lên riêng ngay bên trong.
Bảo tàng Khánh Hòa – Nha Trang hiện đang bảo quản gần 10.000 hiện vật gốc, hơn 5.000 tư liệu hình ảnh thuộc về các thời kỳ lịch sử khác nhau, trong đó có nhiều hiện vật thuộc loại quý hiếm. Nhiều hiện vật tiêu biểu như sưu tập rìu đá, đồ trang sức bằng đá thuộc văn hóa Xóm Cồn (cách ngày nay khoảng 3.500 năm), trống đồng Nha Trang (niên đại cách đây 2.000 năm), điêu khắc đá Chămpa (thế kỷ IX đến thế kỷ XIV), tiền cổ (từ thế kỷ IX đến thế kỷ XVIII), đồ gốm thương mại (từ thế kỷ IX đến thế kỷ XVIII), sưu tập vũ khí trong thời kỳ chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ.
Hệ thống trưng bày đang giới thiệu các chuyên đề: các văn hóa cổ ở Khánh Hòa, truyền thống đấu tranh cách mạng của Đảng bộ và nhân dân Khánh Hòa, giai đoạn 1930 – 2002, thân thế và sự nghiệp cách mạng của Chủ tịch Hồ Chí Minh (1890 – 1969) chuyên đề các Bà mẹ Việt Nam anh hùng tỉnh Khánh Hòa.
Hiện nay, do điều kiện không gian trưng bày chật hẹp, chỉ gồm hai phòng với tổng diện tích trên 200m², bảo tàng chỉ mở cửa giới thiệu một số nhỏ hiện vật đang lưu giữ và bảo quản. Tuy nhiên, chỉ như vậy cũng đã có sức thu hút đối với người xem, bởi đây là những hiện vật nguyên bản của thời tiền sơ sử được tìm thấy trong những đợt khai quật ở Khánh Hoà 20 năm trở lại đây. Nhưng dù sao địa điểm này cũng thường bị lấn át bởi những điểm tham quan thu hút khác, quý khách phải yêu cầu những công ty du lịch sắp xếp chương trình tham quan nếu muốn ghé thăm nơi này trong chuyến hành trình.
Bước chân vào cổng bảo tàng, chúng ta gặp ngay bia Võ Cạnh, là tấm bia được tìm thấy ở xã Vĩnh Trung, Nha Trang, được làm bằng đá có viết chữ Phạn thuộc niên đại thế kỷ thứ II sau Công Nguyên. Còn khu vực chính của bảo tàng là bia đá Cam Thịnh Đông, thị xã Cam Ranh. Tại bảo tàng, người xem được thấy loại nhạc cụ độc đáo: đàn đá Khánh Sơn, là một nhạc cụ của người Rắc Lây đã biến mất từ lâu, sau đó được phát hiện vào năm 1978.
Mỗi năm Bảo tàng tỉnh Khánh Hòa đón tiếp hơn 20.000 lượt khách du lịch Nha Trang tham quan trong nước và quốc tế, đồng thời đã xuất bản nhiều công trình nghiên cứu có giá trị như bộ sách nghiên cứu nhiều tập: Khánh Hòa, diện mạo văn hóa một vùng đất, Văn hóa Xóm Cồn, được giới khoa học trong nước đánh giá cao.
